ناروتو، شیکامارو و ساکورا این بار به مأموریتی فرستاده شده‌اند تا حیوان دست‌آموز گمشده‌ای را به دهکده‌اش بازگردانند اما با جنگجوی اسرارآمیزی مواجه می‌شوند که...

یک عروسک‌ساز پر امید به‌نام واکانا گوجو که در کودکی توسط دوستش که علاقه او به عروسک‌های سنتی را درک نمی‌کرد آسیب روحی روانی دیده، حالا روزهای خود را در تنهایی سپری می‌کند تا اینکه.

تانجیرو کامادو، به همراه اینوسوکه هاشیبیرا، پسری که توسط گرازها بزرگ شده و سر گراز بر سرخود می گذارد و زنیتسو آگاتسوما، پسری ترسو که قدرت واقعی ش هنگام خواب نمایان می شود, در قطار ابدیت عازم ماموریتی جدید هستند.

در دنیای مملو از موجوداتی به نام "یوما" که انسان ها را قتل عام میکنند و از آن ها تغذیه میکنند,سازمانی سری گروهی بوجود می آورد که به افراد این گروه کلیمور میگویند که نیمی از آن ها با یوما ادغام شده و نیمی از آن ها انسان است و افراد این گروه وظیفه از بین بردن یوماها را دارند و محافظت از انسان ها .داستان انیمه حول کلیموری به نام کلیر میچرخد که قصدش انتقام از یک یومای قدرتمند است و...

در آینده ای فرا آخرالزمانی ، انسان ها به همراه ربات های انسان نما در شهر زندگی می کنند. مجموعه ای از قتل های زنجیره ای زندگی کارآگاهی به نام مِیِر را درگیر کرده و...